Gli europei giunsero per la prima volta in questa regione il 6 ottobre 1502, durante il quarto viaggio di Cristoforo Colombo in America. Quando l’ammiraglio approdò a Bocas del Toro, rimase talmente affascinato da questo luogo da battezzare con il proprio nome alcune terre ed è così che nacquero: Isla Colón, Isla Cristóbal e Bahía de Almirante.
Nel periodo coloniale Bocas del Toro divenne nei primi decenni parte del governatorato di Veraguas, nel 1537 del Veragua Real e nel 1540 all’interno della Provincia di Nueva Cartago e Costa Rica, i cui territori si estendevano ad est di Honduras.
Nel 1605 fu fondata, sulla sponda meridionale della Sixaola, l’effimera Santiago de Talamanca dal conquistatore Diego de Sojo e Peñaranda: questa visse un breve periodo di prosperità quando divenne la capitale della nuova provincia di Duy y Mexicanos nel 1610, che si estendeva dal Sixaola fino all’isola Escudo de Veraguas. Sempre nel 1610, si scatenò una ribellione indigena guidata dai Cabécar, che terminò in un massacro e costrinse gli abitanti ad abbandonare la città e a sciogliere la provincia appena creata.
Durante il XIX secolo, l’area di Bocas del Toro fu luogo di una disputa di confine tra Costa Rica e Colombia, a causa delle interpretazioni di un trattato della Royal Cédula del 1803. Questa si auto-attribuì la giurisdizione della Costa dei Mosquito fino all’Escudo de Veraguas, del Vicereame della Nuova Spagna al Vicereame della Nuova Granada. Quando Panama proclamò la sua indipendenza (per poi aderire alla Grande Colombia) e si costituì la Repubblica Federale dell’America Centrale, la disputa su Bocas del Toro si riaccese in maniera più acuta.
Nel 1836, temendo la crescente influenza inglese nei Caraibi, l’America Centrale proclamò la sua autorità sull’isola di Bocas de Toro e nominò Juan Galindo per delimitare i confini del distretto di Morazán. Ciononostante, la Repubblica della Nuova Granada inviò due navi e un distaccamento per espellere le forze centroamericane, raggiungendo la terra contesa il 18 dicembre, senza però intentare azioni militari. La Costa Rica protestò contro tale manovra, considerandola alla stregua di una cosiddetta “usurpazione”. Temendo la potenza militare della Nuova Granada, scelse però di astenersi dal prendere provvedimenti fino alla separazione di Panama dalla Colombia nel 1903, quando ricominciò a protestare.
Il 26 maggio 1837, la Nuova Granada nominò Bocas del Toro come un cantone della provincia di Veraguas e nel 1843 fu ribattezzato come Territorio nazionale, con agevolazioni fiscali e uno statuto speciale. Nel 1850 la suddivisione amministrativa fu abolita e annessa alla provincia di Chiriquí (in seguito dipartimento di Chiriquí). Nel 1855, l’arcipelago di Bocas del Toro, la laguna di Chiriquí e alcuni isolotti furono raggruppati nel comarca di Bocas del Toro fino al 1894, quando furono convertiti nel distretto della provincia di Colón.
Pochi giorni dopo la separazione di Panama dalla Colombia, il 16 novembre 1903, Bocas del Toro fu elevata al grado di provincia della nuova Repubblica di Panama.
Durante la guerra di Coto, le forze costaricane riacquisirono per breve tempo il possesso della provincia, raggiungendo il centro di Almirante, dove il 6 marzo furono studiati gli ultimi schemi tattici per espugnare la capitale della provincia, situata ad un’estremità dell’isola di Colon. Essa rimase ancora sotto il controllo panamense e a guerra finita furono seguite le indicazioni del lodo White del 1914. I soldati costaricani concentrati ad Almirante furono trasferiti nella vicina provincia di Limón, ponendo così fine all’occupazione costaricana di Bocas del Toro.
La comarca Ngäbe-Buglé
A partire dal 1972, il governo panamense scelse di stabilire delle comarche, ovvero delle regioni delimitate in cui, tra i vari indigeni, anche i popoli Ngäbe-Buglé avrebbero posseduto diritti di proprietà esclusivi e una notevole autonomia amministrativa. La comarca di Ngäbe-Buglé è stata fondata nel 1997, a seguito di un proclama precedentemente fatto dal governo e per via della pressione politica da parte degli indigeni ngäbe e buglé. A tali motivazioni si aggiunse anche l’opinione generale secondo cui costituire le comarche avrebbe ridotto lo sfruttamento indiscriminato delle risorse naturali e il degrado ambientale.
A seguito dell’emanazione della legge n. 10 del 7 marzo 1997, più della metà del territorio di Bocas del Toro è stato dunque ceduto alla comarca di Ngäbe-Buglé. Il provvedimento legislativo è riportato nella Gazzetta Ufficiale panamense n. 23.242 pubblicata l’11 marzo 1997.
La comarca rappresenta una suddivisione territoriale che comprende diversi comuni di una medesima provincia: in origine il termine aveva il significato di “spazio di confine” (similmente all’italiano “marca”), mentre più tardi passò a indicare una ridotta estensione di territorio considerata unitaria in senso storico o geografico. Il concetto attualmente si è allargato per indicare anche legami di carattere economico o urbano tra diversi comuni.